Am 24. November 1962 wurde am östlichen Stadtrand von Regensburg der Grundstein für eine neue evangelische Kirche gelegt: Hier, am Hohen Kreuz, wurde die Kreuzkirche errichtet und ein Jahr später, am ersten Sonntag im Advent, am 1. Dezember 1963, feierlich eingeweiht. Von einem alten gotischen Steinkreuz an der Straubinger Straße leiten sich der Flurname "Am Hohen Kreuz" und die Bezeichnung des Stadtteils ab.
Nach dem 2. Weltkrieg wurde hier ein Internierungslager errichtet, für das 1946 eine Barackenkirche gebaut wurde. Viele Flüchtlinge aus den ehemals deutschen Ostgebieten und aus Südost-Europa fanden nach 1948 in dem ehemaligen Gefangenenlager eine vorübergehende Bleibe, in der Barackenkirche wurden regelmäßig katholische, orthodoxe und evangelische Gottesdienste gefeiert. Nachdem die Zahl der evangelischen Christen in Regensburg durch die Ansiedlung vieler Flüchtlinge stark angestiegen war, wurde der Bau neuer Kirchen nötig, so auch "Am Hohen Kreuz".
Die Kreuzkirche mit ihrem Pfarrhaus und Gemeindehaus gehört zwar zur Gemeinde der Neupfarrkirche im Stadtzentrum, die Arbeit hier im Stadtosten ist aber von Anfang an durch die Betreuung von Flüchtlingen, Vertriebenen, Spätaussiedlern und Asylbewerbern geprägt. Auch die Siebenbürger Sachsen fanden in der Kreuzkirche ein Zentrum und bereichern das Gemeindeleben mit ihrem Posaunenchor und Sängerkreis, ihrer Volkstanzgruppe und vor allem mit ihrem Kronenfest, das jährlich im großen Garten des Pfarrhauses gefeiert wird.